员工因病不能胜任工作的法律依据主要为《中华人民共和国劳动合同法》第四十条，该条款明确规定：“有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的。”处理此类情况，首先需依据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，结合员工工作年限确定其医疗期是否已满。若医疗期满后，员工既无法从事原工作，单位也无法另行安排工作，单位方可依据该条款解除合同；否则直接解除属于违法，需承担相应法律责任。
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员工因病不能胜任工作可能给用人单位带来法律风险，以下为您列举：
1、违法解除风险：例如，某员工患慢性病需长期治疗，尚在医疗期内，用人单位便以其不能胜任工作为由直接解除合同，这违反了《劳动合同法》对医疗期员工的保护规定。员工可要求继续履行合同或主张赔偿金。
2、未支付经济补偿风险：若员工医疗期满后不能从事原工作也不能从事另行安排的工作，用人单位依法解除合同却未支付经济补偿，员工可通过劳动仲裁追讨，用人单位还可能面临加付赔偿金的风险。
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员工因病不能胜任工作时，用人单位需依法履行医疗期保障、调岗培训等义务，不得直接解除劳动合同。
医疗期内，即便员工因病暂时无法工作，用人单位也不得依据“不能胜任工作”解除合同，需保障其医疗期内的合法权益，如支付病假工资。
医疗期满后，若员工仍不能从事原工作，用人单位应先为其另行安排岗位。
若员工既不能从事原工作，也不能从事另行安排的工作，用人单位提前三十日书面通知或额外支付一个月工资后可解除合同，但需支付经济补偿。
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处理员工因病不能胜任工作的问题时，特殊情况或例外情形会影响处理结果：
1、特殊疾病延长医疗期：若员工患有癌症、精神病等特殊疾病，医疗期满但病情仍需继续治疗的，用人单位可适当延长医疗期，原处理流程需相应推迟，用人单位需重新评估员工状况和工作安排。
2、医疗期内病情恶化：若员工在医疗期内病情突然恶化，无法及时提供更新医疗证明，用人单位不能仅凭原证明认定医疗期满，需给予员工合理时间补充材料，否则可能因事实认定不清在争议中处于不利地位。
3、岗位职责未明确：若用人单位未与员工签订明确的岗位职责说明书，在评估员工是否胜任工作时缺乏依据，难以证明员工因病不能胜任工作，会影响后续调岗、解除等处理措施的合法性。

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